西暦 年号／月／日 出来事
1989年 平成元年3月11日 ＪＲ常磐線で651系特急車両デビュー。特急「スーパーひたち」の運転開始。
1992年 平成4年月日 小山短絡線が営業を終了（日にち不明）
1994年 平成6年12月9日 結城駅が橋上化。
1996年 平成8年7月15日 川島駅付近でダウンバーストが発生し、駅待合室にいた２名がケガ。周辺の建物が一部損壊。
1997年 平成9年3月22日 川島駅・下館駅の貨物輸送が終了（川島−寄居の貨物列車は3月19日で運転を終了）
10月1日 ＪＲ常磐線でE653系特急車両デビュー。特急「フレッシュひたち」の運転開始。
1999年 平成11年5月8日 栃木DCの一環で真岡鐵道の「SLもおか」が小山−下館で延長運転。
6月1日 東京近郊区間に設定（大回り乗車可、片道100.1ｋｍ以上でも途中下車不可）
9月30日 東海村のJCOで臨界事故が発生。午後8時30分からＪＲ常磐線の水戸−日立とＪＲ水郡線が運休。
10月1日 午後4時30分に勝田電車区の屋内退避が解除されるまでＪＲ水戸線も一部列車が運休。
2000年 平成12年12月1日 貨物列車の運転が終了。安中貨物は翌日からＪＲ高崎線経由に変更。
2001年 平成13年10月28日 415系交直流色編成（常磐線電化40周年記念塗装・K510編成）がＪＲ水戸線で営業運転を開始。
11月18日 Suica導入（ほとんどの駅は簡易Suica改札機）
2004年 平成16年3月28日 真岡鐵道SL運行10周年記念イベントで「SLもおか」が小山−下館で延長運転。
4月1日 勝田電車区が勝田車両センターに改称。
2005年 平成17年4月14日 E531系による試運転を実施。
7月9日 大和駅に全ての普通列車が停車。ＪＲ常磐線（上野−土浦）でE531系が営業運転を開始。
11月3日 往路の快速「笠間deおさんぽ号」にE531系が充当。営業運転としてはＪＲ水戸線に初入線。
11月30日 大和駅で火災が発生、建物の一部が燃えるなどして列車の運行にも支障をきたす。
2006年 平成18年2月21日 結城駅に自動改札機を導入。
3月14日 笠間駅のみどりの窓口が営業を終了。
3月31日 下館駅南口のみどりの窓口が営業を終了。
8月26日 E531系による暫定営業運転を開始。
2007年 平成19年2月27日 E501系が営業運転を開始。
3月4日 友部駅を橋上化、ご当地発車メロディを導入（水戸線ホームを含め坂本九氏の曲を採用）
3月16日 403系・415系が撤退。
3月17日 E531系による暫定営業運転が終了。ＪＲ東日本403系・415系の定期運行が終了。
3月18日 ＪＲ常磐線（上野−高萩）で普通グリーン車の営業運転を開始。
11月18日 小貝川橋梁を架け替え。
2008年 平成20年7月13日 403系K522編成が廃車回送。国鉄403系が形式消滅。
2009年 平成21年1月16日 ATS-P化（福知山線脱線事故を受けて前倒し）
3月14日 全駅で発車メロディの使用を開始。
6月1日 開業120周年を記念してスタンプラリーを実施。
2011年 平成23年3月11日 14時46分に東北地方太平洋沖地震が発生。線路が曲がるなど大きな被害を受ける。
4月7日 地震発生から27日ぶりに運転を再開（4月16日まで特別ダイヤで運転）
9月10日 E657系による郡山総合車両センター入出場を想定した試運転を実施。
2012年 平成24年3月16日 友部駅の貨物輸送が終了。
3月17日 ＪＲ常磐線でE657系特急車両デビュー。
6月23日 小山駅リニューアル、東西自由通路「さくら道」が開通。
9月7日 小山駅南口改札（旧東口改札）が閉鎖。
2013年 平成25年3月6日 福原駅・稲田駅の新駅舎の使用を開始。
3月15日 651系・E653系の定期運行が終了（651系は10月1日から再投入）
11月30日 寝台特急「ゆうづる」がＪＲ水戸線経由でリバイバル運転。
2014年 平成26年2月25日 羽黒駅の新駅舎の使用を開始。
3月15日 全ての普通列車が各駅停車化。小田林駅、東結城駅に全ての普通列車が停車。
4月29日 笠間駅にご当地発車メロディを導入（坂本九氏の曲を採用）
10月21日 大和駅に自動販売機を設置。ＪＲ水戸線内すべての駅構内（駅前）の自動販売機がSuicaに対応。
12月23日 E531系が営業運転を開始。
2015年 平成27年1月13日 651系による波動用輸送を開始（成田山初詣号）
1月17日 川島駅の新駅舎の使用を開始。
3月14日 上野東京ライン（東京−上野）が開業。ＪＲ常磐線の特急は「ひたち」、「ときわ」に改称。
3月31日 小山駅ＪＲ水戸線ホーム、ＪＲ両毛線ホーム、ＪＲ両毛線栃木駅の「きそば」が閉店。
6月28日 583系急行「みちのく」がＪＲ水戸線経由でリバイバル運転。
6月30日 びゅうプラザ下館駅が営業を終了。
2016年 平成28年3月25日 ＪＲ東日本415系1500番代の定期運行が終了（最終列車はＪＲ水戸線779M）
3月31日 びゅうプラザ小山駅が営業を終了。
2017年 平成29年1月23日 TRAIN SUITE 四季島が試運転のため結城駅まで入線。
2月16日 作曲家でJASRAC名誉会長の船村徹氏死去（高野公男氏と手がけた曲の歌碑が羽黒駅に設置）
5月27日 栃木プレDCの一環で「SLもおか」が小山−下館で延長運転（小山−下館はディーゼル機関車牽引）
11月15日 415系1500番代K543編成が廃車回送。415系勝田車全廃。
12月1日 E531系で運転される車両に限り、ドアボタンの使用を開始（ＪＲ常磐線は土浦以北）
2018年 平成30年3月16日 川島駅・新治駅のみどりの窓口が営業を終了。
3月26日 旬を巡るツアーとしてTRAIN SUITE 四季島が結城駅に入線。
4月5日 D51 498がＪＲ両毛線での試運転の為、小山駅16番線に入線（5月19日の本番含めて計4回入線）
5月12日 栃木DCの一環で真岡鐵道の客車を使用した団体列車が小山−茂木で運転（6月16日にも運転）
7月31日 第61回桐生市臨海子ども会を最後に、桐生−日立の臨海学校臨時列車が運転を終了。
8月26日 E501系で設備の老朽化による故障が頻発したため、急遽すべての普通列車をE531系に変更。
2019年 平成31年1月12日 開業130周年記念イベントを開始（下館駅での出発式は19日）
1月31日 玉戸駅・岩瀬駅のみどりの窓口が営業を終了。
2月2日 E653系がＪＲ水戸支社管内で再び営業運転を開始。
3月15日 E501系が正式にＪＲ水戸線から撤退。宍戸駅の窓口業務が終了（翌日から無人化）
4月8日 宍戸駅の窓口業務を再開（平日のみ）
4月30日 上皇さま退位。

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